另外一种说法则倾向于零号机作为原初机体，因此有各种各样的缺陷，原型机本身问题很大。这个说法的依据是来自二号机，二号机本身其实也是很独特的，其中比较奇怪的一点就是明日香感觉到自己母亲的灵魂在二号机里，但事实上明日香的母亲也是自杀，而且同样死在一个和EVA完全没关系的地方。
但是如果这样说的话，有个问题就很奇怪了，假设二号机有明日香母亲的灵魂庇护，那么它应该也和初号机一样，对于外人搭乘自己产生强烈抗拒。事实上在绫波丽试图搭乘初号机的时候，就被直接抗拒了。
但事实却是，二号机一直很稳定，无论是被谁搭乘都没有出现过任何问题，明日香没问题，渚薰没问题，真希波也没问题———就连碇真嗣在最初的时候其实也和明日香一起进入过二号机的插入栓里，依旧没有引起任何问题。
只有绫波丽没有搭乘过二号机，所以无法验证最后一个假说———那就是这些机体本身其实都没毛病，只是绫波丽自己精神不稳定，因此无论她驾驶哪台EVA，都很容易引起暴走和拒绝反应。
其实原本动画里是有一次绫波丽差点儿就验证这个假说的是否正确，无奈当时的明日香死也不愿意让绫波丽搭乘二号机，于是