髅脸，以及他恳求着杀掉他的语气，突然尹正感觉整个人都舒服了，拿起枪跟米勒一起握着枪将地上的骷髅脸的胳膊跟腿打断，如同曾经米勒遭受过的苦难一样。
唯一有点让尹正不爽的是已经决定让骷髅脸自生自灭后，作为钻石狗首席科学家的休伊却因为报复心理而一枪毙了骷髅脸给了他一个痛快。
…………
一般来说衔接《合金装备：原爆点》，九年的时间过去了，big boss也成功报仇，并且成立了新的基地钻石狗，以及拥有了属于他们自己的核威胁跟合金装备，故事应该已经结束了。
但之前那如同幽灵一样的第三子，以及交给到了伊莱手中，世界上唯一一支没有被毁灭的英语声带虫病毒却成了伏笔。
随着左轮山猫对于伊莱的询问，在第三子的力量下伊莱驾驶着合金装备叛逃了钻石狗基地。
而就在这之后基地再一次爆发出了声带寄生虫的危机，而这一次比之前的那一次更强。
密封的基地中，big boss决定亲自前去探查情况，在基地里面地上的尸体血液，以及红色的警报灯就如同是地狱一样。
还有幸存但意识模糊的人，躺在地上发出不明所以的呻吟声。