方面刘琦任用孙氏旧臣，同时提拔江东当地士人，再加上刘琦带来的荆州一部分官员构成了江东的体系。
李严领庐江太守，官至横江将军，同时领兵一万，同副将吕岱、朱桓，北抗曹操；徐庶领丹阳太守驻扎建业虎视徐州，领兵一万，副将徐盛，黄叙；朱治为豫章太守，吕范为会稽太守，严峻为庐陵太守，顾雍为吴郡太守。同时任贺齐为讨越将军，留赞为校尉，领兵一万征讨山越宗贼。择其精壮充军，女子小孩，为屯田民。文聘为虎威将军，领一万水军防守长江下游；甘宁为虎翼将军，防守长江上游，领水军一万。
有李严徐庶把守扬州关隘城池，即使曹操来犯也不惧他。况且长江天险，和两万荆州水军精锐，纵使曹操二十大军也不能踏入江东一步。
管理好江东政务军事，刘琦就开始了三省六部制度的改革。三省六部制是中国古代封建社会一套组织严密的中央官制。现在许都只有尚书台，中书省和门下省只是初具规模并没有形成。
现在刘琦只能以征南大将军府的名义开府，下辖三省，三省督六部。六部管理各州、各郡、各县。
刘琦自领征南大将军，都督荆、扬、交、广四州军事政务。父亲刘表被刘琦上书封为楚公，只等曹操的回复