隆庆六年，穆宗驾崩，1o岁的朱翊钧即位，年号万历，嘉靖四十一年，八月十七日，朱翊钧出生在裕王府，是穆宗朱载垕的第三子。穆宗有四子，长子朱翊釴、次子朱翊钤，俱早亡。四子朱翊镠与朱翊钧同为李氏所生。
朱翊钧的诞生给裕王府带来欢乐，王府张灯结彩，来道贺的人络绎不绝，热闹非凡。然而，这种喜庆的气氛很快就烟消云散了，代之的是人人自危的恐怖现象。原来朱翊钧的祖父嘉靖皇帝，对于这个皇孙的出世并不高兴，而是产生一种愤恨的心理。
因此，关于朱翊钧的诞生，没人敢报告皇帝，更不敢为之起名字，直到5岁时，这个皇孙才有了朱翊钧这个名字。穆宗说：赐你名字，名为钧，是说圣王制驭天下，犹如制器之转钧也，含义非常重大。你当念念不忘。
万历帝是穆宗的独子，隆庆二年，三月十一日，朱翊钧被立为皇太子，正位东宫。万历的生母李太后身世卑微原是宫人，后来母以子贵才晋升为贵妃。皇太子就是未来的皇帝，将来要治国治民，必须从小接受教育，了解以往帝王承业治国的经验教训，熟悉朝章典故，掌握驾驭臣民的本领。万历帝虽然年幼，却很懂得这个道理。穆宗任命一批大臣为教官，辅导他读书。朱翊钧学习非常用功