，而且对自己忠心耿耿，毫无二心，于是便把王允当作自己的心腹亲信，对王允不生丝毫疑心，无论朝政大小，都托付给王允处理。王允借此时机，亲自主持些恢复王室和展社会经济的具体事务。
在与董卓敷衍斡旋的同时，在众士子的冷眼和唾骂中，王允直暗中积极组织和筹备反董斗争，始终从未放弃过扳倒董卓的计划。
早在董卓刚进驻雒阳没多久，他曾与左将军皇甫嵩议郎杨勋起密谋诛杀董卓，后因皇甫嵩升迁，杨勋势力弱小，只得作罢。
后来王允与司隶校尉黄琬尚书郑公业等人共同商议诛杀董卓的计策。为了控制定武装力量，王允等人极力向皇上推荐保举羌校尉杨瓒行使左将军的权力；同时还举荐执金吾士孙瑞担任南阳太守，掌握定的地方势力，并且命令他借讨伐袁术为名，带领兵马出道武关，实则为多路夹击董卓作准备。
可惜士孙瑞的行动引起了董卓的怀疑，他决定把士孙瑞留在都城。王允听说后，便顺从董卓的意思，擢升士孙瑞为仆射。另外又擢升杨瓒为尚书，为最后反击董卓作准备。
在王允暗中反抗董卓的过程中，有个人直暗中支持着他，为他出谋划策，掩护行迹，输送人力物力，可谓是不遗余力。