公园的地下基地中，不过由于黄石火山喷发和一大群突然出现在那里的西方魔幻龙的破坏，那艘方舟还没来得及启动，就被霜冻龙息冰住，然而没入了火山岩浆中。本来方舟以方舟的抗火性足以抵挡岩浆的温度，不至于被烧成灰烬，然而那些火山熔岩燃起的烈焰却不知何时竟变质为三昧真火，瞬间就让第一台诺亚方舟化成飞灰。
第二艘方舟埋藏在西伯利亚的冰原中，由于雪崩暴露出来，遭到几头雪怪的袭击。雪怪长老力大无穷，竟然将方舟的超零合金打穿了一个巨洞，第二台诺亚方舟就这样无奈报废了。而藏在西藏地下基地中的第三台诺亚方舟本应在那次天羽寺的袭击中也遭到摧毁的，不过正巧碰到耶林和奥特战士们前往地球核心，并击败了天兽，才使得第三台方舟幸免于难。
方舟从西藏开往琉球的途中也遇到了一些飞行怪兽或海洋怪物的袭击，不过在tr和guys的合力掩护下，方舟有惊无险的击退了敌人。幸存的日本难民，全都集中在琉球附近，许多人在求生本能的作用下，全都一窝蜂涌进了船舱，一时间秩序大乱，舱门都被堵住，不少人都被挤了下去，落入水中，场面混乱之极。
琉球岛的一座小村落里，只剩下一对穿着时尚的年轻男女正坐在一片树荫下，