在埃及一行后，法老王阿陶姆离开了游戏的身体回到了冥界，而众人那激烈的生活便因此告一段落。本来大家都以为从此会过上平淡的生活，没想到事情并未因为阿陶姆的离去而结束…
这一天早上，不久前从美国的海马公司支部归来的圭平照例在日本的海马乐园里处理着日常的事务，当然顺便也不时去决斗馆里看看那些令人怀念的决斗比赛。自从阿陶姆离开之后，游戏和他的朋友们因为要忙着进行学年考试，也不像从前那么频繁的光顾这里了。看着那些低水平的决斗，圭平只能无聊得不断打哈欠。
然而这一天来的客人，却似乎不是那么简单的角色…
“我从手卡里发动魔法卡‘千年的试炼’，把‘黑魔导’作为祭品献上，特殊召唤‘黑衣的大贤者’！”一个有些熟悉却又听来极为陌生的声音从扬声器里传入圭平的耳中，让正闭着眼睛打盹的他一下子睁开了眼睛。当他惊异的向监视器上望去的时候，看到的是一头由黑红色和额前那极为刚硬的金色组成的熟悉头发。
“游戏！他到决斗场来了吗？”
但是圭平的兴奋马上就被那个人的样貌所打消了，那是一个成年人，年纪不只比游戏大得多，恐怕比矶野也不会小几岁。但是那副冷