在建设穆陵关的同时, 商毅当然也没有忘记对军队的整编, 正所谓足基础建设和军队建设，这两手都要硬。
现在商毅在穆陵关的军队是一千人的标准，按照商毅的想法，将主力团全部的九个小队都编入正规的军队中。当然对团兵还是征求他们的态度，以自愿为原则。
这时商毅在民团中以经建立了崇高的威信，而且也得到三位村长的全力支持，加上民团成立之后的这两个多月里，商毅对团兵的月钱一直都按时足量发放，由其是打了这几场胜仗之后，毎一个团兵们也多多少少都得到了一些额外的奖励，也更使团兵们对商毅也充满了近乎于盲目的相信，使他们觉得，只要是在商毅的带下，自己就不会打败战。
因此在征求意见时，绝大部分人都愿意从军，跟着商毅干下去，说不定曰后还能混出个什么明堂来呢。只有二十几人不愿意成为军籍，商毅对此也不免强，只足从辅助团的青年团中选出一部分人来，将各小队补充满员。这样穆陵关千总司的总兵力为八百一十人。而原来主力团九个小队的队长都在穆陵关里担任把总，唐镇出任商毅的副手。
在主力团改编入军藉的同时，三村民团依然继续保留下去，因为现在清军以经打进来了，仅仅只靠穆陵