不是美州大陆，也不是马尼拉，更不是另一时空的晚淸时代，天主教这样的做法，只能激起社会人士的反感与怀疑，结果在万历四十四年（年）酿成“南京教案”，使传教士在中国的活动一度遇到很大的困难。在同年，南京礼部侍郎沈潅三次上疏参劾耶稣会士图谋不轨，未得获准。月底，他交结其他官员，逮捕并关押传教士、教徒，掀起反教会运动。
要不是当时后金兴起，明朝还需要这伙传教士帮助铸造火炮，而且又多亏了徐光启等人上书，极力分辩，万历皇帝才撤除禁令，传教士才得以继续传教。但传教事业却大受打击，虽然过去了二十多年，但也没有恢复到利玛窦开创的局面。这也时汤若望看重商毅的缘因，他现在迫切希望中国能够找到第二个徐光启。
虽然“南京教案”发生之后，龙华民被迫也做出了一些改变，但在本质上，他还是不赞这些不纯正的传教方式。不过汤若望的宗教信仰并不少于龙华民，但在变通方面却比龙华民强了许多，同时他在明朝的影响力以经远远高过了龙华民，因此完全可以绕开龙华民，按自己认为正确的方式传教。用中国话，这就叫做“天高皇帝远，谁也管不着”。
想通了这一点，汤若望对商毅道：“那么，商将军，既然您愿意为我们