受商毅直接领导。
而统战部以下分为四个部门，参议司，负责组织安排，监督检查士兵的训练，制定作战计划，核算战争成本；军情司，负责收集各种情报信息；军器司，负责各种军事器械制造；后勤司，负责军队的后勤物资供应安排。
这样一来，管理机构更加完善，部门分得更为细化，同时互相分工也更为目确，行政管理的效率也会大大提高。虽然还有一些不足之处，但在现阶段是完全足够的。
而各司主事者的人选安排，过去有的，还是基本保留原来的人选，只是做出一个改变，就是过去主管财务的是叶瑶瑱，管审计的是孙和京，现在将两人互调过来。而其他新增设的各司主事，经过商毅和叶瑶瑱、周世奇、唐镇等人的仔细商议，也都一一做了决定。
最终民政部六司主事的人选为：民政司主事为周世奇；财政司为孙和京；教育司主事陈义文，他原是临朐县的教愉，出任教育司主事到正合适；仲栽司主事为王仲平，过去是沂水司的巡检，和商毅有过几面之识；农田司主事孙成，他过去是沂水县的县丞，也和商毅等人都相识；工建司主事鲁石，他是从过去军器工坊中分离出来。