商毅现在是山东都司同知，登州守备参将，在穆陵关只不过是暂时安居。而且他也打算在长江流域一带重斩建立根据地。因此沒有必要在穆陵关投入更多的资金建设。
但商毅知道，明朝实际只剩下不到一年的时间，这个结果估计是改变不了，而清军再进驻北京之后，很快就会打到山东来。虽然商毅准备在南方开僻新的根据地，但也不打算轻易放弃山东之地，因为这里从水陆两路来说，对北京的危胁都很大。因此不到万不得以，是不要放弃的。那怕只保留一个登州也行。至少在山东半岛上可以有一个立足点。
而在这种情况下，穆陵关的地位就显现了出来，它位于山东中部，连接山东南北，地势险要，易守难攻，如果能够和登州互相呼应，并且以穆陵关为据点，在沂蒙山区内进行游击和守城战相给合的作战方式，都是很不错的选择。因此加强穆陵关的防守，也是完全有必要的。
商毅经过了仔细的考虑之后，终于决定，将穆陵关修建成一座纯军事要塞，以后就成为商家军在山东中部的一个据点。关城的规模到是不用再扩大，但城墙必须重建，到不用太高，有三丈多就可以了，但将釆用欧州的棱形城墙结构，并辅以炮台、岗楼等城防结构相配合。