这可都是前车之鉴，因此吴甡可不敢怠慢，立刻命黄得功带本部人马，立刻渡江，归马士英统领，平定永城之叛，同时又命刘良佐率军进驻河南真阳，保护黄得功的侧翼。但这一番安排也使吴甡手下的兵马减少大半，只能命马科率一万人马进驻广徳府，抵挡叛军的进攻，其余的人马守卫南京，再也无力去救援苏州了。因此也只能催促商毅快到南京。
虽然史可法建议，是否调先左良玉军来保卫南京，但被吴甡断然拒绝，一来是左良玉靠不住，二来他也清楚商毅和左良玉之间的过节，两人再弄到一块，万一又打起了怎么办呢？同时吴甡也坚信，只要商毅的人马一到，平定叛乱就易如反掌了。那怕暂时丢了苏州也不用怕。
史可法没有督师湖广的战斗，对吴甡这么看重商毅颇有些不以为然，但论公吴甡是督师南直隶，而史可法只是南京兵部尚书，从理论上来说，商毅、左良玉、黄得功、刘良佐、马科都受吴甡的节制，史可法管不着，而论私，吴甡比史可法大，过去还是史可法的上司，因此史可法也只能听之任之。
本来商毅是打算跟着船只缓缓而行，接到吴甡的催檄之后，也只好加快进度，因为想在浙江立足，在一开始还是要得到吴甡的支持，而且在浙江的局面也确实