第二天，商毅便率人马，带领吴全福一家，以及张庚秋、安德烈等人，同时还押着俘虏的海盗，着离开了昌国卫，返回杭州。缴获的两条海盗军也由也沈寿崇派人架驶，送到杭州附近的海面上停泊。
这次到昌国卫一行的收获远远超出了商毅的预料，不仅仅得到了昌国卫这一支还算不错的军队，而且连商毅一直希望建立的海军，也跨出了坚实的一步，海军最关建的造船技术，以经得到了基本的解决，而下一步的兵源问题，也初步有了着落。而下一步，也就开始搭建海军的框架。其实就连商毅也没想到，组建海军会这么快就提上了议程。
因此回到了杭州之后，将其他事情都做了处理，商毅立刻招集留守在杭州的二团和五团团部的全体成员, 另外加上侦察营的营长吴汉生, 以及从苏州赶到杭州向商毅汇报工作的三团副团长成钢，开会协商商家军的人调整和安排。另外还有海军的筹建工作。
在商毅离开杭州期间，商家军又组织了一次选拔，有二千五百多名预备军通过了考核，成为正式的士兵，可以编制成三个团。各团的各级军官人选都耍进行安排，另外现在商家军在杭州己有了六个新营，以经可以组编成一个新团，那么团部的成员为要确定。另外经过了这次选