行政班子建立起来之后，商毅的事情也减少了许多，可以把主要精力都投入到军队建设和军事后勤建设中去。枪杆子里出政权，在任何时代都是名副其实的至理名言。因此商毅也十分清楚，军队才是自己在这个时代立足的基础。没有一支强大的军队，其他一切神马都是浮云。
目前驻浙江的商家军一共有四个正式团，两个特种营，铺兵两千多人。共有名类火枪八千多枝，各种大小火炮两百余炮。虽然和这个时代的明军相比，商家军的火器比重以经很高了，但依然还是出现了很大的缺口，目前只有二、三、五团是装配全额的火枪火炮，新组建的第六团虽然也进行了火枪射击训练，但还没有装配上火器。暂时还是只能使用冷兵器。
不过在招兵方面，还是颇有成效，商家军入驻杭州一个多月，以经招募了两千多名新军，现在预备军也有近三千人。另外还收陇了相当一部份在叛乱中被打散的明军，也有三四千人，商毅将他们全都编到预备军中一起训练。如果再加上昌国卫的四千多人马，现在商家军后预备军又有一万左右，差不多又能编成三个团。
同时商家军还有近三万俘虏大军，经过了几个月的强制劳动改造之后，其中有一部份人的表现相当不错，商毅也预备，在开