足七百，只能集中兵力来守卫鸡笼和噶玛兰两地，圣多明哥城几乎己经完全放弃，圣地亚哥城的守军也只有一百多人。只有在噶玛兰到是还有二百四十多名守军和五百多土著兵。
因此在商家军的兵锋所到，又有西班牙军的军官劝降，圣地亚哥城和圣多明哥城都开城纳降，沒有暴发过一场战斗。只有驻守噶玛兰的西班牙军却拒绝了劝降，同时也对商家军的危胁：破城之后，所有西班牙士兵一率枪决。不屑一顾。坚决要与商家军一战。
于是商家军又等了一天，才向噶玛兰发动进攻，结果在商家军的十门火炮的轰击下，不到一个时辰，噶玛兰的土围城墙即土崩瓦解，而守卫噶玛兰的西班牙军和土著兵也被打得死伤惨重。这才知道双方的实力相差太远了，只好也投降。整个战斗只用了不到半天时间。
而至此，西班牙人在台湾的势力也全部都被商家军接收。离商家军踏上台湾的土地，仅仅只有三天时间。
随后商毅下令，通知商家军管辖地区内的各华人，当地土著，到鸡笼城来参加会议。
台湾土著在后世统称为高山族，实际可以细分为泰雅、赛夏、布农、邹族、鲁凯、排湾、卑南、阿美、达悟-邵族等十余个族群。台湾土著是以社为居住单位