最后，在农业司下面，商毅又设立了土地局和粮食局这两个次一级的部门。
在掌握了浙江的权力之后，商毅对内的下一步计划就是清丈土地，查实田产，一方面是使毎一户都有自己的土地，稳定社会局面，也为以后安置难民做准备，另一方面也是做为以后税收的依据，多田产者多交，少田产者少交，保障税收的公平性。因此也需要成立一个专门的部门来管理这方面的工作。
而粮食是战略物资，自从到了浙江以后，商毅就一直在储备粮食，现在储备的各种粮食己经超过了七十万石，不仅如此，商毅还打算把整个浙江的粮食都实行计划控制，以便在战时进行统一的安排和分配，因此也需要一个专门的部门来管理。
行政机构上的调整暂时只有这些，而接下来，就是对军队机构进行调整了。
在军队中，商毅也设立了三个新的组织，宪兵队、情报处、安全处。
商家军成立至今，除了取得赫赫战功之外，另一个值得称道的地方就是军纪严明、秋毫无犯。但商毅也知道，随着军队的扩大和组成复杂，在军队内部，也同样需要一个监查机构，来管理监督军队的违纪行为。宪兵队就是这样一个机构。
宪兵队是由最早加入商家军，又