六月十日，商家军的运输船队到达登州，周少桓接受了物资之后，也立刻组织人马，执征商毅的命令，进驻青州、莱州，并且率先对进驻山东的淸军发动攻击。但就在这时候，穆陵关独立团的团长童大勇发来消息，青州城己被清朝的官员占领了。
原来淸军进驻北京之后，首先击败大顺军人马，巩固了北京的周边地区，随后多尔衮也招集官员，商议下一步的进军计划，清都察院参政祖可法、张存仁两人首先向多尔衮进言：“山东乃粮运之道，山西乃商贾之途，急宜招抚。若二省兵民归我版图，则财赋有出，国用不匮矣。”
多尔衮也同意两人的意见，首先收取山东山西之地，于是一面派兵继续追击大顺军，又于五月二十五日，派明降臣方大猷为监军副使，招抚山东。六月初四日，又派明降臣王鳌永以户、工二部侍郎名义，招抚山东、河南。
这时山东地区的局势十分混乱，各方势力交织在一起，错综复杂。一度在山东地区闹得风声水响的济王朱帅在名议上虽然占据了山东、北直隶、河北的大部份地区，但实际上也是一盘散砂，朱帅只不过是山东德州的乡绅众人推出一个傀儡，本身并没多少号招力，而拥立朱帅的赵继鼎、程先贞、谢陛等人也都不是什么大将之材，