不过满清的山东巡抚方大猷到是比王鳌永机灵得多，在准备守济南的同时，也做好了逃跑的准备，他不仅派出心腹家人，在济南城的四门关注守城的情况，随时向自己报告战事的进展，同时也早己命人备下了十几匹快马，还有短身紧衣，干粮水壶，以便随时都可以跑路。
因此商家军攻开城门的消息也在第一时间传到了知府衙门，方大猷二话不说，立刻换上了紧衬衣服，带着十几名心腹家人出府上马，弃城而逃，速度之快，令搏尔特也望尘莫及。等童大勇带领着人马杀到府衙的时候，这里早己是人去屋空了。
方大猷逃出了济南之后，一刻也不敢停留，一路上打马狂奔，一口气跑出了一百余里，一直跑到了德州，才算收住了脚，赶忙又写了一份告急文书送到北京，同时又命人去打探商家军的动静，准备着如果商家军继续追击过来，就再向仓州跑路。
其实童大勇这次只带来了三千多人马，攻下济南就是十分免强了，根本无力再追击方大猷，而且商家军的目地也不是要占领济南府，只是打一场振奋人心的胜仗，这个战略目地显然是己经达到了，因此童大勇也不打算追击，只是在济南城中晓谕城中的百姓，清军还会再打过来，自己的防区并不在济南，也不可能在济南