在目前南明朝廷內部关系尚未完全理顺的情况下，和满淸讲和，并借助吴三桂的力量，联合清军打击大顺军，实行借虏灭贼的政策，并天真地认为此举可以使清军与大顺军在交战中两败俱伤，而南明朝廷趁机坐收渔利，不失为一种可行之策。事实上不仅仅马士英这样想，就连史可法、刘宗周、黄宗義这些正人君子也同样是如此想的。但他们都没有清楚认识到，现在的南明朝廷面对的最大敌人不是“贼”，而是“虏”。
尽管也有一些中下级官员，如兵科给事中陈子龙、吏科给事中章正宸等人，都曾上疏，提酲南明朝廷，不可盲目轻信满淸的承诺，并且列举出当年北宋借金灭辽、南宋借元灭金的历史教训。可惜的是，这时在南京朝中，并没有多少人听信。马士英和东林党一边斗争着，一边积极准备安排北使团，并且己经确定了左懋第为使臣，去和满清接触，好实施借虏灭寇的政策。
其实在南明朝廷的各官员心里，对清军都怀有一种很深的恐惧感，因为自从袁崇焕死后，满清先后四次入关奔袭，并在关外发动大凌河、松锦之战，在这六场大战中，明军都以惨败而告终，尽管满清在最后一次入关奔袭中，商毅在济南和青州都重创了清军，但这只是一个局部战场取得的胜利，放眼整个战役来看