在朱媺娖辩认太子之后的第二天，商毅就带着朱媺娖返回杭州。
这时清军中路的豫亲王多铎己率领二十万大军南下，先锋人马己经攻占了凤阳府西北的亳州，而因为刘良佐和黄得功都率军回援南京，整个凤阳府的防守都十分空虛，因此留守扬州的史可法心里也十分着急，己经连续向南京发回告急文书，请求给江北增加援兵。同时也写信给商毅，请他尽快了结南京的事情，渡江北上，来扬州主持军务。
现在己经是三月底了，商毅也知道军情火急，因此一回到杭州之后，就立刻开始着手布置备战清军的工作。
这时商家军在杭州地区的三个师的武器也全都配齐，因此商毅决定，将第三师全部调往江北，参与江北的防御，第四师留在江南，保卫浙江地，并且又下令把驻守台湾的第七团也抽调两营回来，和第四师一起，组成后备部队。而现在商家军又扩编了两个散团，使散团的数量达到了四个。商毅决定将其中的三个团合并成为商家军第五师，也派到江北，不过这个师的武器缺口很大，目前只能装配一个团，因此暂时只做为江北的后勤部队。
同时在杭州继续扩招人马，征调民兵入伍，争取再成立三到四个团，如果达不到正式士兵的标准，就编成预备