经形成了裂纹，很难再恢复到以前。而一但双方全面破裂，那么清军肯定不会放过这个机会，一定会从武昌出兵大举南下，而失去了大顺军这一层保护之后，南京的西面防守将会十分空虚，无论是刘良佐还是黄得功，都不可能抵挡得住清军的进攻。在这种情况下，只能有两种选择，一是放弃南京，转向南方内地逃跑，另一种选择是调商毅从浙江出兵，保卫南京。
原来他打算在来年开年的时候出兵进攻徐州，现看起来，这个计划也有可能进行调整了。但如果南京失守，那么浙江就首当其冲，要保卫浙江，直接面对清军的兵锋，如果自己出兵保卫南京，又怎样对付南京复杂的政治局面，同时进取徐州的计划是不是继续执行，这些问题都需要认真考虑，并且早作准备才是。
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商毅的公文发送到南京的时候，在一场东林党内部的斗争巳经全面展开了。事实上在东林和复社的內部构成十分复杂，都是鱼目混珠，稂莠不齐，充斥着大量的投机份子，如果是有共同的敌人，或许大多数人都还能够齐心协力一致对外，一担失去了共同的目标，內乱也不可避免了。
同时江淮战役之后，清军撤军，也减