临的局面确实十分危急，因为清军从长江两岸齐头并进，沿江的战略要占几乎全都失守，南京城也直接暴露在清军的兵锋面前。
虽然南京城的城防设施十分坚固，但需要防守的面积太大太广，至少也需要五到六个师才能完全守住，而现在的商家军，也不可能把这么多的兵力都集中在南京城里驻守。因此商毅也迅速作出计划，只以少量兵力驻守在南京城里，守住几个关建的要点，在清军进攻时，可以适当弃守几处城门，把淸军放进城里来，并且利用城市內的街道要点地区和自已对南京环境的熟悉，和淸军打巷战。
反正只要是不退出南京城，就表示南京并没有完全失守，在政治和战略层面上，都能说得过去。同时还能拖住清军的大量兵力，保证浙江地区的安全。而且商家军的战术特点和武器，也比清军适合打巷战，因此在内线利用城市战牵制清军，同时商家军的主力人马在南京外围游动，寻找战机尽力歼灭清军的有生力量，把南京保卫战打成一场提前三百年进行的列宁格勒保卫战。
这也就是商毅在目前的条件下，所釆用保卫南京的最佳战术方案了。当然因为战场主要是在城市中进行，要施行这一战术，肯定会对南京的城市设施造成重大的损害，而且平民的伤亡也将可能