南京的城墙布局是一个不规则的形状，但却将周围的所有山地、湖泊、河流全部都利用了起来，因此用固若金汤来形容，一点也不为过。但所有城墙加起来长达十几公里，如果没有十万以上的人马，根本不可能守住。而现在的南京城中守军，还不足两万人，因此根本不可能守住整个南京，达到拒敌于城外的目地。
在朝见朱由崧之后，商毅也立刻开始布置，首先是黄得功的败军还有三万余众，这也是一支不小的兵力。黄得功的人马是江北四镇中比较有战斗力的一支军队，而且黄得功虽然平日里也十分飞扬拔扈，但对明朝还是十分忠心，在另一时空里，他是江北四镇中唯一一个坚持与清军作战战死的。因此他的余部人马也要尽量保住。
不过虽然商毅并不打算采用御敌于国门之外的战术，但在清军的主力人马还有到的时侯，主动出击，先打一二个胜仗，挫动一下清军的锐气。鼓动一下南京的士气，稳定军心民心，由其是现在，整个南京都己是人心惶惶的时候，还是非常有必要的。
根据黄得功派回来的使臣介绍，现在黄得功的人马驻扎在南京城西南，不足十里的张家湾和朱家营两地。因此商毅也命令使者回复黄得功，让他带领人马在张家湾和朱家营两地就地驻守，