在随后的三天时间里，商毅也下令商家军，向驻守在南京城里的清军发动了连续的进攻。
而这时清军在南京城里的驻守兵力只有四万左右，在兵力上己经不占多少优势，但火器部队大半都留在了南京，由其是火铳兵，还有近万人，另外还有火炮百余门。因为在此前的战斗中，商家军一直都是保持守势，而这一次商家军却主动进攻过来，因此阿济格也觉得，这个机会也十分难得，到是可以和商家军一战。从前几天的经验来看，和商家军的作战，最好的办法还是以火器来对付火器，现在自己也有足够的火器部队了，应该可以和商家军展开正面战斗。
在经过十几天的反复拉距之后，南京中部城区的建筑己被催毁了大半，只剩一间间残辕断壁，依稀还保留着几分城市的格局，另外还有好几处街道的大火未灭。街道上满是碎瓦残砺，而且百姓的尸体也随处可见。
这一战商家军出动的是李定国的第九师，兵力为一万左右，而清军也出动了一万二千人，包括有五千火铳兵、和二千弓箭手。两方的兵力大致相当，但因为是在城市中作战，中重型火炮难以定位瞄准，不过在九师的炮兵团中，有两个炮兵营无法参战，因此实际的兵力只有八千五百人，比清军要少一些。