斗减员还要补充，而新军的中下级军官缺口也都要选拔，这些工作都要赶来淸军新一轮进攻之前完成。
另外就是武器装配也要跟上，由其是现在枪枝不足的情况下，应该如何分配有限的武器，也是一个让人头痛的问题，还有预备军也要再扩充，商毅也决定，在浙江地区再扩充十个预备旅，争取在今年再扩充十万左右的军队，这样才能够保证商家军扩张之后，兵力不致于再不足了。
不过商家军在南京的努力作战到也并没有白费功夫，尽管清军终于在占领了南京，但自己也蒙受了不小的损失，也需要修整一段时间，因此阿济格也决定，暂时停止了军事行动。以稳固南京的防守为主。这样一来，也给商家军赢得了不少的时间，商毅一面准备，一面等待着湖北那边，李定国的消息。
黄宗羲和张煌言分别回到了徽州和温州以后，果然不出商毅所料，两方面的拥立大臣都积极的反对潞王、鲁王去杭州。其实他们根本就沒有想过，另一方是否会答应商毅的要求，反正只要保证自己不会失势就行了。同时也展开了激烈的口水大战，互相指责，都宣称自己才是正统，而对方没有资格监国等等。因为现在清军停止了进攻，也使他们都能够安下心来进行论战，你来我往，也争得不亦乐乎。