黄宗羲虽然是从徽州出发了，但现在清军己经兵临城下，当然不会等着黄宗羲去把商家军请来，因此仅仅只过了两天，就杀到了徽州城外不足十里的地方。
而在徵州城里，方国安和方元科叔侄两人也率兵出城，迎战淸军。虽然明军的数量不少，但都是胡乱拼凑起来的乌合之众，那里是清军的对手，双方交战了不到一个时辰，就被清军打得大败而回。而清军趁势就杀到徽州城下，开始攻城。
这一下徽州城里顿时一片恐慌，而东林党和地方势力也终于消停下来，不再内斗了。并且开始心平气合的商量，徽州是肯定守不住了，那么现在应该向那个方向逃跑呢？
但还沒等他们商议出一个结论来，陈洪范就开城投降，把清军放入徽州城中。
原来在出使北方时，陈洪范就己经向清廷投降，回到南京是为清廷作内应的，并且劝降其他的明朝官员。不过当时出使北方的官员中，只有他一个人回到南京，也引起了不少人怀疑，但因为缺少证据，只好将他摆官了事。而陈洪范也就此蛰伏起来，等待时机。
清军进攻南京时，陈洪范估计有商家军在南京驻守，自己是找不到机会，因此也不敢轻举妄动，只好跟着大潮退出了南京，后来在南京失守以