林凤舞刚刚离开，明石姫就赶来向商毅报告，原来在福建称帝的隆武朝廷向浙江派出了使臣，策封商毅。而这次派出的使臣不是别人，是由郑芝龙的儿子，刚刚被朱聿键赐姓改名的郑成功。
商毅听了，也觉得有些意外，自从自己和郑芝龙达成了海外的贸易协定，郑芝龙让出了通航菲律宾的贸易航线，而商毅也尊守郑芝龙对曰本的贸易权，同时保证浙江向郑芝龙提供优惠的商品，经过了二年多的时间，双方也都相安无事，各自经营各自的海外贸易。
不过双方之间只有经济来往，而商毅和郑芝龙之间的交流并不多，只是逢年节的时候，互相问候一下。后来商毅攻占了琉球群岛，又登陆日本，打得萨摩藩割地赔款，一度扬威海上，也有人认为商家军有足够的实力保护自己的海外贸易，没有必要再向郑芝龙让步了。但商毅这时仍然不愿和郑芝龙翻脸，依然恪守之前达成了海外的贸易协定进行海外贸易。因此依然不变。
在南京战役其间，商毅在南京抵抗清军，而郑鸿逵放弃镇江南逃的时候，把逃到镇江躲避清军的唐王朱聿键也带回到了福建，而在南京失守之后，郑芝龙却听从郑鸿逵的建议，在福建拥立唐王朱聿键为帝，广东，江西、湖南等地也都奉朱聿键为正朔，在