率两万人马，驻守镇江，同时也命水军出击，迎战商家军。
自从上一次水战取胜之后，清军也认识到火船进攻战术确实是十分有效的一招，虽然在上一战中，清军自己也烧掉了二百多艘船，实际损失的战船数量比商家军还多，但仍然还是按这个思路备战，因此从湖广调来近大量的船只，又凑齐了二百多艘船只，还是按三艘一组, 用铁锁连起,组成了七十多组火船。只是由于火船属于一次性用品，清军不敢轻易出击，只能等着商家军主动进攻过来。
因为这时洪承畴正在江西督战，因此这次水战也由水军提督刘梦蛟亲自指挥。不过在上一战中清军是如何取胜的，刘梦蛟跟洪承畴在一条船上坐镇指挥，可是看得清清楚楚，回到南京之后，刘梦蛟也把这一战的经也反复思考研究，做到心里有底。这一次出战，刘梦蛟也自信可以再把商家军的水军烧一个落花流水。
清军依然还是以火船为先驱，每二十组火船一排，在江面上横向展开，一共排了三排，最后才是清军的八十余艘主力战船。
但等刘梦蛟看到商家军的战船时，也不禁有点傻了眼，因为商家军一共只出动八艘战船，排成了两条纵队，逆江而上，向清军的阵列冲杀了过来。而在远远的数里之外，隐隐约