经没有办法再制约住长江舰队了。
这时在南京周边的地区中，商家军和淸军正在宁国府、镇江两地将持不下，而水战获胜以后，长江舰队立刻乘胜进军，一直杀到南京附近的江面上，第一、三分舰队炮轰南京的金川门，而第二分舰队带着增援湖北的弹药物资，逆江而上，向湖北驶进。
而在南京的多铎得知水师惨败，商家军的战舰一直开到南京附近的江面上，炮轰金川门，也不禁大为震惊，还以为这一次商家军是要全力进攻长江了。因为这时淸军在南京城内的守军不足三万，根本防不住南京漫长的城墙，如果商家军派出一支部队在南京附近登陆，攻入南京城里来，也不是不可能的。
虽然这并不意味着南京就一定失守了，但如果让商家军在南京城里站稳脚跟，再想把他们赶出去，可就不那么容易了。多铎可是知道，在阿济格攻取南京的时候，商家军以不足三万的兵力，守在南京城里，和近十万清军对抗了近一个月的时间。因此多铎可是说什么也不敢让商家军杀入南京城里来。
于是多铎也做出了商毅最希望他做出的选择，下令命鳌拜率部渡江，进驻南京驻守。
而就在鳌拜部从庐州重新开拔之后，这一次作战的目地也达到了，于是商毅也