后，觉罗巴哈纳率领大军赶到，分兵搜山，在一处山凹中发现了朱聿键一行，结果朱聿键、曾皇后、沈嫔、陈嫔都被清军抓获，周之藩、熊伟力战而亡，只有陆昆亨杀出了重围，侥幸逃脫。
虽然这时郑成功终于在泉州府一带招集到一批人马，并且找到十几艘大船，沿着闽江溯江而上，想到解救朱聿键，可惜遭遇到清军的大军，被一战击败，只好退回到安平城。
觉罗巴哈纳带着抓住朱聿键一行返回福州时，勒克徳浑、洪承畴也都到达福州，同时在福建被抓的明朝宗氏还有阳曲王朱盛渡、西河王朱盛佺、松滋王朱演汉、西城王朱通简等人，在几天以后，都被勒克徳浑下令，就在福州一同处斩。
南明的隆武朝廷，也被清军灭亡。
随后清军乘机进军，又连续占领福宁州、汀州府、兴化州、漳州府等地，整个福建省只剩泉州府一地还未被清军占领了。
福建省虽然不能和浙江、广东这些地方相比，也算是中国比较畗裕的地区，由其是福州，也是中国古代主要的对外贸易港口之一，加上郑芝龙在这里经营了多年，因此云集了不少商人，富豪之家。而且这时朱聿键也已被抓，郑芝龙又有投降之意，整个福建也算是大局己定，于是勒克德浑也下令在