这个时候郑芝龙手下依然还拥有千余艘各种战船，军队十余万人，大体都驻扎在泉州府的沿海地区以及一些岛屿上。
尽管己经放弃了福建的绝大多数土地，但对郑芝龙来说，并不算什么，因为郑芝龙的事业一向都是在海上，而不是陆地。一但清军真的进攻泉州，郑芝龙也不打算和清军硬拼，而且泛舟海上，暂避清军的锋芒，等清军撤军之后，再复归陆地。或者是转到广东一带去发展，反正在东南沿海一带的岛屿众多，想找一个安身之地并不难，而清军没有水军，对他也奈何不得。
正是由于这些情况，清军对郑芝龙依然不敢小视，因为水军仍然是清军最薄弱的一环，因此洪承畴和勒克徳浑商议之后，立刻下令各路清军都退后三十里，以表示清廷并不打算与郑芝龙为敌，而洪承畴又给郑芝龙写了一封亲笔信，道：“吾所以重将军者，以将军能立唐王藩也。人臣事主，苟有可为，必竭其力。力尽不胜天，则投明而事，乘时建功，此豪杰事也。若将军不辅主，吾何用将军哉？且两粤未平，今铸闽粤总督印以相待。”
收到了洪承畴的这封信，郑芝龙异常高兴，割据广东、福建自立，正是郑芝龙希望得到的结果，同时他也相信自己的海上实力作为后盾，就算是改朝换代