对朱聿键被清军擒杀，虽然商毅也有一定的责任，但并不觉得有什么可内玖的，因为就是出动兵力救出朱聿键，依然改变不了隆武朝廷亡灭的事突，最多只是保住朱聿键这一个人，只有郑芝龙终于还是决定投降清廷，结果反而被清军软禁的结果十分惋惜，但在这件事情上，自己确实己经尽了全力，毕竟自己对郑芝龙的影响力有限，既然郑芝龙连兄弟儿子的劝告都听不进去，那么自己又能有什么办法呢？
本来现在江浙一带的形式很好，商家军在湖北击败了清军的第三次进剿，在长江又击败了清军的水师，重新打通了和湖北的水路联糸，迫使清军不得不收缩兵力，防守南京。
但福建和江西相继被清军攻占，也使浙江的西南面也全面受到清军的危胁，而且这个时候商毅所占领的地盘，也都彻底被清军包围，和南明其他地方没有一点接壤的地方了。而且清军还收降了郑芝龙的大量军队，兵力又得到了一次急剧的扩张，同时还有相当一部份是海军，对浙江的危胁也大大增加了，商毅也不得不在浙江西南面布置相当的兵力驻守。因此下一步收复南京的计划，又存在了很多的变数。
好在是福建虽然被清军占领，但商家军的情报网络却并没有遭到太大的破坏，因为玄皇教在