清军又要集中大军，进攻湖北。商毅到并不担心，甚致还十分高兴，因为清军进攻湖北的兵力越多，就意味着驻守南京的兵力越少。对下一步收复南京的战斗，也就越是有利。
而现在商毅真正需要操心的，是解除浙江南面的危胁，因此在七月底的时候，商毅也乘船离开杭州，亲自赶奔南澳，和郑成功会面，支助他立刻起兵。
由于第一、二分舰队己经都被列入参加跨海突袭的舰队，因此这次出行，商毅只带着第三、四分舰队出发，而旗舰还是使用的老舰银号舰，而没有使用新造的岳飞号，同时随军还带了一个步兵旅。
因为现在福建己经基本被清军占领，为了不让清军发现自己的行动，因此这次从海上到达南澳的航线，商毅并没有选择直接穿过台湾海峡，而是绕道从台湾东部航行，从台湾南端弯进来，绕了一个大圈，才到达南澳岛。
商毅一行船队到达南澳岛的时间是八月六日，这时离郑成功起誓抗清已经过去了一个月的时间。在这一个月的时间里，郑成功在陈豹的帮助下，又招降了好几支郑芝龙的小股余部杨期潢、杜辉、洪政等人，部众己经扩大到六千人，各种大小战船约有百余艘。如果再加上郑鸿逵部的三千余人，差不多己经有近万的兵力