战的时候，他被清军所抓，一开始也是打定主意，只求一死，决不投降，但就是被皇太极用锦衣玉食美女逐渐诱惑，软化，终于还是投降了清廷，而现在洪承畴也把这一招用在李本深身上。不过皇太极为了收降洪承畴，可是让庄太后亲自出马，而洪承畴只给李本深弄了两个妓女就够了。毕竟李本深和洪承畴的级别不同，
清军与商家军虽然打了不少仗，但俘虏的商家军士兵并不算多，中高级军官更是屈指可数。而且因为清军吃过商家军不少亏，对商家军十分怨恨，因此在以前俘虏到了商家军的士兵，多数都杀害了。但洪承畴到了南京之后，改变了这种做法，对俘虏的商家军士兵首先是尽量劝降，实在不愿投降才杀。
尽管商家军对士兵的思想教育抓得很紧，但不可能让每一个人都保持坚定的立场，因此在清廷的威胁利诱面前，还是有少数人选择了投降，而从这些投降的士兵口里，洪承畴也审问出一些商家军的建制、官职等级、训练方法、作战技术等等情况，甚致还弄到一本商毅编写的【步兵手册】，洪承畴看完之后，竟惊为天书，而且直叫可惜，如果自己早十年得到这书小册孑，依法练军，绝对可以横行天下，扫平流寇根本就不在话下，就是松锦大战之败，也不会有了。同时洪承畴也对