攻下了镇江府之后，商毅也终于收到了跨海突袭舰队攻占盛京的消息，同时也知道山东战区的跨海突袭的第二阶段己经开始。
虽然现在还不知道登陆京津地区的结果如何，但这个消息也己经使杭州统战部的人员兴奋不已，因为攻占了盛京，也就意味着跨海突袭行动终于取得了成功，清廷早晚都将会撤军北返，因此南方的局势也即将发生大的转拆变化，而商家军收复南京的计划，也大有成功的机会。
当然现在跨海突袭的行动也可以向各地的商家军公布，以提高各部军队的士气，同时这也是向整个南方宣扬商家军辉煌战绩的大好机会，毕竟这次的胜利不同于以前，商家军攻占的是清廷的旧都。虽然暂时还不知道南方各地的反应，但在江浙一带，商家军的所有部队得知了这一消息之后，也无不欢欣鼓舞，士气大涨。
而商毅也立刻下令，开始实施收复南京的第二阶段军事行动：首先命令长江舰队出击，向淸军的水军发动进攻，彻底封锁南京段长江的江面。
同时又命第三军驻守镇江，第一军和第七军联合出兵，进攻宁国府，第二军也抽调兵力，进驻和州，准备渡江攻击太平府，对南京形成彻底的合围之势。
商家军夺取了镇江府之后