场水战之后，小船基本都烧完了，现在留下的多数三百料以上的大船，而且还有十余艘四五百料的大船，因此运输量也颇为可观。
但就在清军的船队准备从南京启航的时候，正好商家军长江舰队从长江向清军发动进攻的时候，何滨正带领着前部的十三艘战船向龙山船厂这边行驶过来，得知这时清军的船只都停泊在南京金川门一带的江面的码头上，正在装船出发，因此何滨也立刻下令，各船排成一列纵队，向清军的船只发动进攻。同时又派小艇向后面的第二批舰队下令，让他们迅速赶来参战。
商家军的舰队突然杀到，也确实令清军有些措手不极，好在是水军统领刘梦蛟经过了二次水战之后，到是有了些经验，因此立刻下令，命准备好的三十余护航战船立刻出击，迎击商家军的战舰，为运输船队争取时间，然后又催促在码头装船的各船立刻启航出发，装好货物的船只直接向武昌进驶，到武昌去听候命令，而没装货的船则驶回龙山船厂內停泊。
虽然刘梦蛟的命令下得没错，但执行起来，却是一大堆问题，因为并不是所有船只都能在第一时间收到命令，结果有的船收到命令，立刻扬帆启航出发，而有的船却还在自码头驶进，结果互相撞在一起，前进不得。同时还有不少船只