十一月八日，一、二、三军的军长成进、罗远斌、杨武丞，以及长江舰队的总指挥官黄震，都赶到成进的大营来，参加商毅到达南京之后，招开的军事会议。
在会议丄，针对清军在南京外围设下五个防守距点的布置，商毅决定，首先打两湖，后打两山的进攻秩序，因为莫愁湖和玄武湖都可以通向长江，攻打两湖，可以得到长江舰队的支援，另外从地图上看，南京大体呈一个东南向西北的斜向形状，而两湖的位置正好在这个走向东北和西南的中间点上，就好像是南京的腰部一样，攻克了两湖，也就等于先掐住了南京的腰部。
这样分配下来，进攻莫愁湖的是第二军，和长江舰队的第一、二分舰队；进攻玄武湖的是第三军，和长江舰队的第三分舰队，海军第五分舰队。而第一军付责牵制另外三个据点，和南京的兵力。等两湖被攻下之后，第二军和第三军就直接向南京发动进攻，第一军则开始进攻天坛，聚宝山和神烈山。然后合围南京。
作战计划决定下来之后，罗远斌、杨武丞和黄震立刻都连夜返回自己的驻地，定于十一月十日，正式开始向南京发动进攻。而商毅暂时留在成进的大营，听候各路的战况。
晚上商毅、成进、亚莉桑徳拉还在地图前研