二楼三楼发动进攻，由于这时钟楼己经失守了，鼓楼里清军巳经沒有抵抗之力，纷纷投降，因此商家军也十分顺利的杀上了鼓楼的第四楼, 而这时满达海己在这里自尽身亡了。
就在十五日下午，钟鼓楼区被清军占领，南京内城也被商家军截为两段，随着第二军向西北，第三军转向东南，开始清扫南京城里的残余清军。
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商家军对皇城的进攻也是从十五曰清晨开始。
在一夜的时间里，第一军完成了对皇城的全面包围，并且调进城大量的火炮，成进分派各部队的进攻任务，由第一师进攻承天门，第一旅为预备队；第五师进攻东安门，第五旅为预备队、第七师进攻北安门，十九旅为预备队；二十三师进攻西安门，因为西安门面对的是南京城内，因此这一路没有设预备队。
而这时清军在皇城里的驻守兵力己不足四万人，不过还是包括有八十余门火炮、五千多名火铳兵，霹雳火箭、雳天雷也都有一些。南京的皇城虽然不算高大，但也都是由大石块和大方砖砌成，十分坚固，一般的火炮对皇城城墙的作用并不大。
清晨约七时左右，付责进攻皇城的第一军从