福建紧邻浙江，而且郑成功也十分关注南京的战事情况，因此对战事进程的消息，也比其他地方知道得早一些。在商毅收复了南京之后，郑成功首先向商毅发出了贺信，然后开始出兵进取福建之地。
这时绍武朝廷的君臣一干人员都巳经逃到了福建，被郑成功安置在泉州，而郑成功也以绍武朝廷的名议招集福建各地抗击清军，加上这时觉罗巴哈纳急着回兵去救援南京，因此把褔建之地几乎完全放弃，而郑芝龙毕竟是在福建经营多年，深得人心，一些地方的乡绅大户势力见清军撤走，也都纷纷向郑成功请降。结果郑成功在短短一个月的时间里，除了被商家军占领的建宁府之外，基本收复了福建的全境。
因此郑成功一时声威大振，许多郑芝龙的旧部也都纷纷重新归付到他的麾下，就连绍武朝廷的广东总兵林察，原来也是郑芝龙的旧部，这时也回归到郑成功的部下来下。郑成功的势力也顿时爆涨，一下子拥兵四五万之众，各种战船五六百余艘，其中大中型战船不下百艘。
而绍武朝廷这时也总算是取得了一块立足安身之地，内阁大学生苏观生也建议皇帝朱聿鐭，迁到福州去安居, 并且正式设朝，因为福州是隆武朝廷的定都之地，绍武朝廷是隆武朝廷的沿续，到福州