地方的行政机构就这样先决定下来，接下来是对杭州的行政机构进行一些调整，现在杭州行政部下面共有九个部门，分别教育司，财政司，仲栽司，农田司，工建司、商务司；另外还有直接对商毅付责的审计司、文书司和宣传司。在划分上，也属于行政部管辖。
这九个部门，差不多也涵盖了一个政府除了军事以外的基本行政部门，但现在商毅的管辖区内，和明朝相比，也出现了一些明显不同的地方。
首先是手工业方面，由于商毅制定的政策基本都含有扶持手工业发展的内容，因此在浙江地的手工业发展十分迅速，注册的工厂己经超过了一百五十家，其中超也五百人规模的中大型工厂有二十八家，而超过千人规模的工厂，有十二家，另外注册的以家庭为单位的手工作坊，己经超过了二千家，这还不算那些半农半手工的家庭。而且产业包括纺织、丝绸、造船、木作、印刷、机械、治盐等等。
现在浙江地区完全依靠做工维持生存的人口，己经有十万以上。所谓的资本主义萌芽，已经得到了长足的发展，而工人阶级这样一个全新的阶级，也正在逐渐形成中。现在对工厂、手工作坊的管理，还属于商务司。
还有就是对外贸易和交流，对外贸易自不必