毕竟多尔衮是不可能把这么一支重要的军队，全部教给洪承畴一个人来管理。
同时多尔衮又下令，在北京正式成立神机司和火药司两个部门，并清廷各地征集铁匠、木匠，火药工匠，并种各地收集铁矿石，全力制造火炮、火铳等武器，配制火药，保证新军训练使用的供应。
而商家军突袭辽东，也给清廷敲响了一下警钟，以后来自海上的危胁，也不能不防，因此多尔衮又决定，除了在沿海要加强守备之外，还要建立一支大清的水军，于是又在辽东沿海的地区招募水手，建造船只。
不过在建立水军方面，清廷可以说是一点经验也没有，因此多尔衮也十分头疼，好在是现在在北京软禁的郑芝龙是这方面的专材，于是多尔衮也下令，封郑芝龙为津门水师提督，付责造船，练水军事务。不过郑芝龙是被清廷连蒙带骗加要挟，其实是给挟持到北京来，清廷也不敢对他完全信任，名议上是水师提督，实际上也就是一个顾问，什么实权都没有，而且走到那里都有人监视着。
郑芝龙心里也明白，因此也只好继续隐忍，等待时机。但清廷的水军就在磕磕绊绊中，开始组建起来。
在练兵的同时，多尔衮到也没有忘了恢复农业生产，因为清廷的财政己经到