党争最为激烈，一开始有楚党、吴党之分，楚党是內阁大学士瞿式耜为首，成员其主要成员有左都御史袁彭年、礼部侍郎刘湘客、吏科给事中丁时魁、工科左给事中金堡、户科右给事中蒙正发，号称“五虎”。并以何腾蛟为外援，而吴党是以阁臣朱天麟、吏部侍郎吴贞毓、庆国公陈邦傅、司礼监马吉翔、给事中张孝起、李用楫，王化澄、万翱、雷德复，程源等人。
在一开始，楚党的外援何腾蛟掌握重兵，因此楚党气势大盛，但何腾蛟先败于清军，再败于商家军，威势大跌，又管不住手下的各路，于是被吴党有机可趁，纷纷拉陇何腾蛟手下的部将，逐渐挽回了局面，但也助长了丘八的骄悍气焰。
其中有人是为争权利，也有人是实实在在想为抗淸大局做一些事情，但因为身在局中，也不可避免的卷入到政治斗争中，因此关系错综复杂，盘根错节。但双方你争我夺，斗得十分激烈。而商毅的公文，也成为双方斗争的一个焦点。
因为楚党属于执政党一方，当然不愿把皇帝交出去，而吴党是在野党，本着敌人反对的事我支持，则极力赞同，当然也有一部份人是出于公心，认为把皇帝送到南京去，有利于抗淸大业。但不管怎么说，双方都是针锋相对。
不过随着