商毅的暗中安排下，被曰本抓捕的中国人的妻儿老小等家属、以及家人、伙计、学徒等也联合组织起来，到南京来商毅政府请愿，请南京政府出来，帮忙救回自已的亲人。而商毅也和行政部的官员们亲自出面，接见了请愿的代表们，并且表示南京政府将会尽全力解救被日本抓的人员。
再加上［杭州时报］在背后推波助澜，对日本的反感情绪的进一步扩大起来。就连一部份官员也都觉得曰本人做得确实有些太过份了，不愿和中国做生意就算了，干嘛扣船抓人呢。
在商毅的政府内，正统士大夫出身的官员并不多，相反由于江浙地区的商业发达，大多数的官员都和商人有着千丝万缕的联系，因此在商毅的统治区内，商人有较高的政治地位，在商毅的政府里，也有一批商人利益代言人，不过这股力量并不算大，还没有能左右政局的地步。
虽然在这时，商毅己经下令海军部开始准备对日作战，但在南京政府中，还没有提出对日本进行军事，只是把这做为一种解决问题的手段之一。而更多人则倾向于先向曰本幕府提出抗议，然后看日本幕府的态度，再作打算。
但就在这时，又传来日军袭击琉球，占领了首里城，并且下令驱逐所有中国人的消息。