这一次出兵，除了驻守台湾的第三分舰队之外，商毅决定调第一分舰队到琉球参战，两支舰队相加，一共有战舰六十七艘，主力战舰为四十三艘，辅助战舰十九艘、飞剪船五艘，其中包括目前商家军海军唯一的一艘一级战列舰岳飞号，三艘二级战列舰，银河号、貔貅号、饕餮号。士兵、水手、船员总计为一万一千多人，其中可派出陆地作战部队三到四千人左右。
虽然这次出战，并不是以占领日本的本土为目地，但根据战事需要，仍然有可能会发动几场登陆作战，另外在琉球岛上，还有一万多日军存在，因此地面战争是肯定会有的，因此仅靠舰队自身的陆地作战人员是不足以完成地面作战的任务，商毅也决定，从第一军抽调第一旅，随第一分舰队一起出战琉球。
在加上驻守琉球的西班牙雇佣军，这一样这次出兵的总兵力约有二万左右。这样规模的战斗，目前还是完全可以支持得了的。
而这一次出战的后勤运输任务，商毅则交给航运公司来承担，因为日本单方面停止了的直航贸易之后，舰运公司的业务也减少了近半，将这次战争的后勤运输任务包给航运公司来承担，一方面是对航运公司的扶植，也减轻政府的压力；另一方面也是商毅打算偿试另一种战争的模式