文官系统确定下来之后，接着就是军队糸统。而首先改变的，是军队的名称。
由于以前商毅只是一方的割据势力，为了增加军队的归属感，保障自已对军队的绝对控制力，因此才叫做商家军。但现在商毅己经正式称王，并且己经形成一个独立的政权机构，说是国家，也不为过，如果还叫商家军，仍然脫离不了军阀的味道。
商毅决定将军队正式分为陆军部和海军部两个编制，统一称为中华军，而陆军也称为中华虎贲军，海军则称为中华伏波军。
这二个名称也得到众人的一致赞同，因为中华是中国、华夏的合称，自古可以代表中国以及汉族。因此取“中华”两字，就意味南京政府的目标是夺取天下，并非偏安一隅。也能体现商毅己经实质是一个一方君主的事实。
虎贲在中国古代，是是守卫王宫、护卫君主的专职军人，也可以指军中的勇士、猛将。而伏波的本意就有降伏波涛的意思，伏波将军则是古代对将军个人勇武能力的一种封号，用这两个词分别称呼陆军和海军，不仅十分贴功，而且也可以充份说明出中华军强悍无敌的一面。
军队的名称确实之后，商毅也正式下令，将中华虎贲军按照湖北军区的模式，在全军內部设立军区