在隆武朝中出任兵部职方司主事；隆武朝廷灭亡之后，顾炎武在福建、广东、广西等地来回奔走，一面结交朋友，一面寻找复国的时机，在绍武、永历朝廷中都有过短暂的为官经历。但顾炎武很快就发现，三个南明朝廷都担不起复国的重任，因此也十分失望。
而这时商毅倔起，收复南京、大败清军，抢占了长江两岸的六省之地，大有一举收复北方失地之势。而且顾炎武的老家苏州昆山县，也正在商毅的统治之内，因此顾炎武在失望之于，也决定回到老家安居，顺更也看一看商毅到底是一个怎么样的人，因为在南方提起商毅，都说他是篡国夺位之贼。但尽管商毅不是正统，毕竟还是汉族人，只是顾炎武也没有想到，回来之后，会摊上这一场官司。
但顾炎武回到昆山县的时间虽然不长，但也明显的感觉得到，这里和三个南眀朝廷有明显的不同，充满了勃勃的生机和新兴气氛。通过和亲友的交谈，以及阅读报纸，顾炎武也知道了商毅的施政，和自已的政治主张有不少相似之处，而在出狱之后，顾炎武来到南京，又知道商毅成立了一个参政院，用于扩大民间参政议政、监督政府施政的目地。而黄宗羲等人也经过商议之后，决定接受商毅的邀请，进入参政院当议员。
黄宗羲、