清顺治五年(年) 三月，南京参政院正式成立，各省推举三十人，南京十五人，自荐的有二十三人，而受邀请的有十七人，共计二百三十五人，第一任议长由黄宗羲出任，吴甡、史可法、顾炎武等人都被选为第一任执委。
在参政院成立的同时，南京政府又做出了一些新的措施，主要是有三项大型工程项目上马。
首先是商毅下令，在南京附近，修建第二座兵工厂。
在商家军正式更名中华军，分成两个军部，五个大军区，军队的人数也扩充了三成左右，而且前期的部队使用的各种兵器，也有近一半需要进行更新，而目前南京政府一共有两座兵工厂，一座在杭州，一座在山东。山东兵工厂只能供应山东战区的武器，其余的四个战区，包括海军部的武器，全部都由杭州兵工厂制造供应，但现在的生产速度，己经明显跟不上军队的扩张了。
另外海军部现在也己经完全成为一支独立的作战力量，还拥有两个海外基地，并且还在近一步的扩张，造船的迅速也在加快中，而海军使用的枪炮武器，和陆军也有一定的差异，一般来说，由于船上的空间有限，舰炮的长度最大不能超过两. 五米，而且火枪也是尽量以短小为主，因此海军的武器，也有必须和陆