设有宗教审判所这一机构，只要指定谁是异教徒，就会立刻被抓走关进审判所里。因为中国人信仰宗教往往都是多种宗教并存，而天主教本身带有很强的排他性，完全是唯我独尊，因此在传教士的眼里，中国人绝对都是异教众，都该死，在前二次马尼拉大屠杀中，天主教会也起了不小的煽动作用，有少数传教士甚致还亲自操刀上阵，残杀了不少华侨。
汤若望当然知道，商毅对天主教其实半点信仰都没有，因此如果这些传教士落到商毅手里，下场自然是可想而知。尽管汤若望对自己的这些同行的行为也不赞同，但毕竟都是同一个组织的人，也不希望他们死在商毅手里。但天主教会在马尼拉的成份及为复杂，大体分四个教会：奥古斯丁会，方济各会，多明我会，耶稣会。而在中国只有耶稣会这一个教会，这几个教会互相之间也存在竞争，因此中国教会最多只能在马尼拉的耶稣会中说得上话，和其他几个组织，基本都没有来往。就算想帮忙调解，也使不上力。
而接到了商毅的要求之后，汤若望和其他洋和尚们商议于一夜，最后决定，派阿科尼亚为首，带领傅汎际、阳玛诺、郭纳爵三名葡萄牙籍传教士，一起赶奔菲律宾，首先尽力调解双方的关系，如果实在调解不了，则尽可能保全一部份传