遣官员，现在全部官员都从当地的华人中间选出，实行当地人自治。而吕宋行省的第一任行政总督，由商毅指定张庚秋担任。
张庚秋在马尼拉的华人当中就有比较高的声望，马尼拉战争结束之后，又得到进一步提升，由他出行政总督，也是名致所归，而总督府以下的官员，也由张庚秋付责提名。
接着商毅又正式任命李华梅为中华军驻吕宋军区司令员，兼任吕宋舰队司令员，军街为少将。吕宋军区直接归属于南京军区管辖，属于小军区一类，行政级别相当于一个军，而吕宋舰队则归属于海军部，与五大分舰队同级。在马尼拉地区缴获的西班牙战船，全部都划吕宋舰队，这一来吕宋舰队的战船数量达到了二十七艘，按海军的战船划分，拥有三级巡洋舰二艘，四级驱逐舰十一艘，五级护卫舰七艘。辅助战船七艘。
不过舰队的人员缺额超过了一半，还要慢慢补充，因此商毅也决定，原来的船员水手只要经过调查，没有参与这次大屠杀的，也全部留用，归为吕宋舰队的成员。
这样一来，吕宋地区的军、政两方面框架都己经正式建立起来，也标志着南京政府对吕宋的统治己经进入一个实质性阶段，只需要一步一步的完善起来。
而这时西班牙人