首辅的职位，虽然经过商毅的再三挽留劝告，但周世奇的去意己决，因此最后商毅终于还是收下了周世奇的辞呈, 准许周世奇辞职。
随后商毅下令，由王夫之接替周世奇，出任内阁首辅；李岩出任内阁次辅，并兼任统战部部长，李格非则上升到內阁第三位；另选财政部部长孙和京入阁，协同理事，为第四位内阁成员；调湖北省长堵胤锡到南京，出任统战部副部长，并入阁协同理事。为第五位内阁成员；调浙江省长周少卿到南京，接任财政部长。同时再增设一个统筹培训部，付责培训行政管理人员，并且也付责在以后占领新的地区，建立行政机构的筹备计划工作，由从内阁首辅职位上退下来的周世奇出任统筹培训部部长。
这一系列的职位调度，都是由商毅直接下令，不过并末引起多大的争议。因为在原来的内阁里，王夫之本来就是内阁次辅，首辅辞职，次辅顶上，其他人再依次跟进，都是顺理成章的事情。
财政部也就是过去的户部，六部之中名列第二，是一个相当重要的位置，当然也是最容易出错和犯错的位置，孙和京在这个位置上干了四五年，一直都是兢兢业业，无论是业务还是个人操守，都没有出过一点问题，因此晋升入阁理事，也在情理之中。